Обычный школьник-старшеклассник Тайдзю рассказывает своему другу-гению Сэнку о его планах признаться возлюбленной Юдзурихе. Они встречаются под деревом, но неожиданно странный свет освещает всё вокруг. Тайдзю толкает Юдзуриху под дерево и заслоняет её собой, но свет усиливается и превращает всех людей в камень. Человечество остановилось, следы цивилизации начали пропадать, но Тайдзю сохраняет рассудок, мотивируя себя спасением Юдзурихи. В конечном счёте Тайдзю удаётся выбраться из камня. Он узнает, что Сэнку также удалось сбросить каменную оболочку, подсчитывая каждую секунду своего существования. По подсчётам Сэнку, в мире сейчас 5 октября 5738 года.
Вместе они, используя науку, начинают восстанавливать цивилизацию. Им удаётся создать нитал — растворитель, разрушающий каменную оболочку людей, образованную после инцидента почти четыре тысячи лет назад. Первым делом они решают освободить Юдзуриху, но натыкаются на потомков сбежавших из зоопарка львов. В итоге они были вынуждены использовать нитал на Цукасе Сисио, необычайно сильном старшекласснике. Сбросив каменную оболочку, Цукаса мгновенно осознаёт ситуацию и побеждает львов. Позже Сэнку синтезирует больше нитала и освобождает Юдзуриху, но обнаруживает, что Цукаса из-за детской психологической травмы разрушает каменные статуи взрослых людей, тем самым убивая их, — он убеждён, что спасения заслуживают только подростки и дети. Таким образом начинается противостояние двух кланов: Королевства Науки Сэнку и Могущественной Империи Цукасы
